Учреждение ориентировано на обеспечение системного подхода к повышению качества и безопасности лекарственных средств, поэтому важная роль отводится системе управления качеством.

В октябре 2017 года ГБУЗ ЦККСЛС подтвердил соответствие системы менеджмента качества (СМК) требованиям ISO 9001:2015 (ГОСТ Р ИСО 9001-2015), Сертификат соответствия № РОСС RU.АС13.К00051 от 17.10.17.
Сертификат соответствия СМК выдан органом по сертификации систем менеджмента качества ФБУ «Государственный региональный центр стандартизации, метрологии и испытаний в Кемеровской области» (РОСС RU.0001.13АС13) по результатам сертификационного аудита.
ГБУЗ ЦККСЛС уделяет пристальное внимание СМК, которая была внедрена и впервые сертифицирована на соответствие требованиям ISO 9001:2008 (ГОСТ Р ИСО 9001-2008) в октябре 2011 года.
Ежегодно в ГБУЗ ЦККСЛС осуществляются надзорные проверки СМК со стороны органа по сертификации, а раз в три года СМК учреждение подвергается масштабному аудиту в целях ресертификации. Наличие устойчиво функционирующей СМК, соответствующей требованиям ISO 9001, стало прочной основой для внедрения в учреждении новых информационных услуг.
Успешное подтверждение соответствия СМК учреждения требованиям ISO 9001:2015 (ГОСТ Р ИСО 9001-2015) обеспечивает ГБУЗ ЦККСЛС высочайший уровень качества оказываемых услуг.